Kolejny zakłócanie dynastyczny Węgier na przełomie XV i XIV wieku oznaczał mat okresu szybkiego rozwoju Zakarpacia. Nadszedł dwusetletni era niszczących kraj wojen. wcześniej w 1514 na prowincja Zakarpacia kilkakrotnie zawędrowały walki wielkiego powstania chłopskiego Jerzego Dozsy. Po upadku Węgier po bitwie pod Mohaczem w 1526 Zakarpacie zostało podzielone między Habsburgów (komitat Ung) tudzież książąt siedmiogrodzkich (komitaty Bereg, Ugocsa i Maramaros). zaraz podobnie zaczęły się konflikty między katolickimi Habsburgami tudzież kalwińskimi książętami Siedmiogrodu. W następnym okresie, odkąd 1606 aż do 1658, Siedmiogród wydarł Habsburgom także zachodnią proporcja Zakarpacia pospołu ze sporą połacią wschodniej Słowacji. W 1566 karna ekspedycja turecka spustoszyła południową proporcja kraju. wiek XVII upłynął pod znakiem niszczących kraj wojen habsbursko-tureckich oraz antyhabsburskich powstań lat 1604-1606 (powstanie Bocskaya), 1678-1685 (powstanie Thököly'ego) i 1703-1711 (powstanie Rakoczego). Obrazu dopełniały rebelie chłopów i biedoty miejskiej.
Reformacja zapuściła ród na Zakarpaciu pod mat XVI wieku. Wytworzyła się szalenie skomplikowana sytuacja wyznaniowa: panujący w zachodnich i północnych Węgrzech Habsburgowie wspierali katolicyzm, siedmiogrodzcy książęta – protestantyzm, tudzież nie wolno ludności i w ten maniera była wyznania prawosławnego. Czwartym głównym kościołem stała się wnet cerkiew greckokatolicka, powstały w wyniku unii kościelnych: użhorodzkiej w 1646, mukaczewskiej w 1664 i marmaroskiej w 1713. prawosławie wśród ludności Zakarpacia zanikło więc prawie iż zupełnie, panującym wyznaniem stał się grekokatolicyzm.
Okres wojen zakończył się z upadkiem powstania Rakoczego w 1713. Zwycięscy Habsburgowie w 1690 na reemigracja odłączyli Zakarpacie odkąd Siedmiogrodu i włączyli aż do właściwych Węgier, po czym odebrali Rakoczym ich posiadłości na Zakarpaciu (należące aż do nich odkąd 1633) i w 1726 nadali je austriackim hrabiom Schönborn. Odbudowując kraj po stuleciu wojen Schönbornowie sprowadzili aż do kraju kolejną falę niemieckich kolonistów; wtedy podobnie nadeszła bałwan imigracji Żydów. Nastąpił sukcesywny krok szybkiego rozwoju. specyfikacja pospolity z 1846 wykazał na Zakarpaciu 469 tys. mieszkańców, z czego 235 tys. Rusinów, 120 tys. Węgrów, 65 tys. Rumunów, 25 tys. Żydów, 14 tys. Słowaków i 10 tys. Niemców. Istniało 21 miast i miasteczek. Władze habsburskie zaczęły produkować w Królestwie Węgier obwód szkół powszechnych. Na Zakarpaciu nauczano w nich w językach ruskim i słowackim.
W latach 1848-1849 na Zakarpaciu toczyły się walki węgierskiej Wiosny Ludów. Po stłumieniu powstania w 1849 władze austriackie utworzyły z tych ziem tzw. ruszczyzna rejon administracyjny, który natomiast wcześniej w 1850 został zniesiony.
Okres monarchii dualistycznej zaznaczył się na Zakarpaciu industrializacją, rozwojem technicznym i kulturalnym – pojawiły się: rząd (Użhorod – Czop, 1872), parowy tartak (1869), telegraf (1897), elektryczność (Użhorod, 1902), lokalna gazeta (1861), sztolnia węgla brunatnego (Ilnycia, 1867), teatr (Użhorod, 1907). nie zważając na tego Zakarpacie zostało dotknięte ogromną emigracją zarobkową – szacuje się, iż kraj opuściło odkąd 200 aż do 400 tysięcy ludzi. Celem wyjazdów dotychczasowy przede wszystkim Stany Zjednoczone Ameryki Północnej Zjednoczone, uporządkowanie ciała tym Urugwaj, Argentyna i Australia.
Zakarpacie było miejscem walk I wojny światowej. W 1914 wojsko rosyjska przeszła przez przełęcze karpackie i zajęła strefa na północy kraju aż po Chust, natomiast względnie szybko, po zaciętych walkach na przełomie 1914 i 1915, została wyparta za Karpaty. W walkach tuż przy Chustu uczestniczyły oddziały Legionów Polskich.
Komitat Ung
Komitat Bereg
Komitat Ugocsa
Komitat Máramaros